Następnie PE na zgromadzeniu plenarnym wyraża zgodę na nominację osoby przewodniczącego. Kandydat na przewodniczącego i Rada stanowiąca większością kwalifikowaną wyznaczają pozostałych członków KE zgodnie z propozycjami każdego z państw członkowskich. PE zatwierdza cały skład KE. Zazwyczaj, zanim PE udzieli KE wotum zaufania, kandydaci na komisarzy są przesłuchiwani pojedynczo lub kolegialnie przez właściwe rzeczowo komisje parlamentarne. Może się zdarzyć, że PE sprzeciwi się mianowaniu jednego lub kilku komisarzy. Skutkuje to zawsze odrzuceniem całości proponowanego składu KE. Jeżeli PE zatwierdzi skład KE, przewodniczący i pozostali członkowie KE zostają mianowani przez Radę, stanowiącą większością kwalifikowaną. W sposobie powoływania KE, oprócz udziału Rady, widoczna jest poważna rola PE. PE może przesłuchiwać kandydatów na komisarzy (co stanowi namiastkę ich odpowiedzialności politycznej) oraz wyraża zgodę na powołanie składu KE ( a nie jedynie wydaje opinie o tym przedmiocie). Z chwilą nominacji członków KE rządy państw członkowskich tracą bezpośredni wpływ na ich działalność. Przejawia się to zwłaszcza w braku możliwości odwołania przez państwa całej KE lub poszczególnych komisarzy.

Procedury odwołania komisarza:

Skrócenie kadencji Komisji Europejskiej lub pojedynczych komisarzy może nastąpić jedynie w wypadku:

1. uchwalenia wotum nieufności przez PE na podstawie art. 201 TWE. PE głosuje nad odwołaniem KE większością 2/3 oddanych głosów, jeżeli za odwołaniem opowie się co najmniej połowa członków PE. PE, uchwalając wotum nieufności, odwołuje cały skład KE, a nie poszczególnych komisarzy. KE podaje się wówczas en bloc do dymisji, a komisarze pełnią swoje obowiązki do czasu wyboru nowego składu KE;

2. śmierci komisarza;

3. dobrowolnej rezygnacji komisarza ze stanowiska. Komisarz pełni w tym przypadku obowiązki do czasu wyboru swojego następcy. Powstałe w ten sposób wolne stanowisko jest obsadzone, na czas pozostający do zakończenia kadencji, przez nowego komisarza mianowanego przez Radę stanowiącą większością kwalifikowaną. Rada, stanowiąc jednomyślnie, może zadecydować, że wolne stanowisko pozostanie nieobsadzone.

4. obligatoryjnej rezygnacji komisarza ze stanowiska. Członek KE składa rezygnację, jeżeli przewodniczący tego zażąda, po uzyskaniu zgody kolegium.

5. złożenia z urzędu orzeczeniem ETS na podstawie art. 216 TWE. ETS na wniosek Rady lub KE może orzec dymisję komisarza, gdy przestał on spełniać warunki konieczne do pełnienia swoich obowiązków (np. sprzeniewierzył się obowiązkowi niezależności) lub jest winny poważnego uchybienia (np. wyjawił tajemnicę zawodową). Dymisjonując komisarza, ETS może również orzec o pozbawieniu go w całości bądź w części renty, emerytury lub innych korzyści majątkowych.

Status prawny członków Komisji Europejskiej:

Członkowie Komisji Europejskiej są to funkcjonariusze międzynarodowi. Art. 312 ust. 2 TWE mówi: "Członkowie Komisji w ogólnym interesie Wspólnoty, są całkowicie niezależni w wykonywaniu swoich obowiązków. Podczas wykonywania swoich obowiązków nie starają się o instrukcje, ani nie przyjmują instrukcji od żadnego rządu ani organu. Powstrzymują się od wszelkich czynności nie dających się pogodzić z ich obowiązkami. Każde państwo członkowskie zobowiązuje się respektować tę zasadę i nie wpływać na członków komisji podczas wykonywania ich zadań.

Członkowie Komisji nie mogą, podczas pełnienia swych funkcji, wykonywać żadnej innej zarobkowej lub niezarobkowej działalności zawodowej. Obejmując swoje stanowiska, uroczyście zobowiązują się szanować, w trakcie pełnienia funkcji i po ich zakończeniu, zobowiązania z nich wynikające, zwłaszcza obowiązki uczciwości i roztropności przy obejmowaniu pewnych stanowisk lub przyjmowaniu pewnych korzyści po zakończeniu funkcji. W przypadku naruszenia tych zobowiązań przez członka Komisji, Trybunał Sprawiedliwości, na wniosek Rady lub Komisji, może orzec, stosownie do okoliczności, o jego dymisji, zgodnie z artykułem 216, lub o pozbawieniu go prawa do emerytury lub innych podobnych korzyści."

Kompetencje Komisji Europejskiej:

KE wyposażona jest w następujące kompetencje:

1. występowanie z wnioskiem do Rady o stwierdzenie istnienia wyraźnego ryzyka poważnego naruszenia przez państwo członkowskie zasad, na jakich ustanowiona jest UE oraz stwierdzenia poważnego i stałego naruszenia przez państwo członkowskie tych zasad

2. wszczynanie postępowania przed ETS o naruszenie zobowiązań traktatowych

3. wszczynanie postępowania przed ETS o stwierdzenie nieważności aktu prawa wspólnotowego

4. wnoszenie do ETS skargi na bezczynność Rady UE i PE

5. nadzorowania wykonywania orzeczeń ETS.

• Posiada wyłączne prawo inicjatywy prawodawczej - prawo to jest ważnym atrybutem KE w procesie prawotwórczym, ale nie przysługuje jej wyłącznie na zasadzie uznania, PE może „zmusić" KE do wszczęcia procedury prawodawczej. Wykonując prawo inicjatywy prawodawczej, KE musi działać zgodnie z interesami Wspólnot i nie może samodzielnie ustalać zakresu własnych kompetencji.

• Posiada uprawnienia prawodawcze, jednak tylko w niektórych dziedzinach działalności Wspólnot. KE może wydawać różne akty prawne, w tym rozporządzenia, dyrektywy, decyzje, opinie i zalecenia

• Wykonuje na własną odpowiedzialność budżet Wspólnot. KE sporządza projekt budżetu i jest odpowiedzialna za jego wykonanie w granicach przyznanych środków, zgodnie z zasadą należytego zarządzania finansami. W tym zakresie podlega kontroli ze strony PE, który udziela KE absolutorium z wykonania budżetu.

• Zarządza funduszami wspólnotowymi.

• Reprezentuje Wspólnoty w postępowaniach przed ETS.