Instytucje Unii mają siedziby w trzech miastach: Strasburg (Parlament Europejski), Luksemburg (Europejski Trybunał Sprawiedliwości i Trybunał Obrachunkowy), Brukseli (Komisja Europejska i Rada Unii Europejskiej).

Na mocy tzw. traktatu fuzyjnego, od 1967r. wszystkie trzy Wspólnoty (Europejska Wspólnot Węgla i Stali, Europejska Wspólnota Energii Atomowej oraz Wspólnota Europejska) mają wspólne organy.

Rada Europejska (nie należy jej mylić z Radą Europy i Radą Unii Europejskiej), choć nie jest w sensie formalnoprawnym organem Wspólnot Europejskich, jest jednak często uznawana za jedną z instytucji UE. Rada wytycza strategiczne cele rozwoju Unii. Powołana w 1947r. działa w formie systematycznych spotkań szefów państw lub rządów państw członkowskich Wspólnot Europejskich. Rada zbiera się co najmniej dwa razy w roku, pod przewodnictwem głowy państwa lub szefa rządu państwa członkowskiego, któremu przypada przewodnictwo w Unii Europejskiej. Przewodnictwo trwa pół roku i zmienia się rotacyjnie.

Rada Unii Europejskiej stanowi prawo w Unii. Może występować w kilkunastu postaciach: jako Rada do Spraw Ogólnych (ministrowie spraw zagranicznych państw członkowskich) lub Rady Specjalne tzw. branżowe (np. ministrowie kultury, przemysłu, spraw wewnętrznych). Rada Unii Europejskiej wypracowuje i koordynuje politykę wewnętrzną i zagraniczną UE.

Komisja Europejska - nazywana jest „strażnikiem" traktatów. Do jej kompetencji należą:

1. prawo inicjatywy ustawodawczej,

2. reprezentacja interesów i koordynacja działań Wspólnot (wewnątrz i na zewnątrz Unii Europejskiej),

3. kontrola stosowania prawa wspólnotowego (europejskiego)

4. realizacja postanowień zawartych w traktatach i aktach prawnych przyjętych przez Wspólnoty. Obecnie Komisja liczy 20 komisarzy wybieranych na 5 lat ( jeden lub dwóch komisarzy z każdego państwa członkowskiego i jego dwóch zastępców).

Parlament Europejski nie stanowi prawa w Unii Europejskiej, ale uczestniczy w procesie decyzyjnym. Ma też prawo uchwalania budżetu, przyjmowania nowych członków oraz zatwierdzania układów stowarzyszeniowych. Kontroluje pracę Komisji Europejskiej. Może ustanawiać także tymczasowe Komitety Dochodzeniowe, badające ewentualne wykroczenia lub nieprawidłowości w stosowaniu prawa wspólnotowego (europejskiego). Wybiera Rzecznika Praw Obywatelskich. Parlament składa się z przedstawicieli państw członkowski UE, wybieranych w wyborach powszechnych i bezpośrednich (na okres 5 lat). Obecnie liczy 626 deputowanych.

Trybunał Sprawiedliwości zapewnia przestrzeganie prawa wspólnotowego. Orzeka o zgodności aktów prawnych wydawanych przez instytucje Wspólnot z traktatami Wspólnot. Rozpoznaje spory między państwami lub między Komisją Europejską i państwami, wynikające ze stosowania prawa europejskiego. Trybunał składa się z 15 sędziów.

Trybunał Obrachunkowy sprawuje kontrolę nad dochodami i wydatkami Wspólnot oraz bada, czy finansami wspólnotowymi zarządzano właściwie i zgodnie z prawem. W jego skład wchodzi 15 członków (rewidentów).

Komitet Ekonomiczno - Społeczny (KES) - wypracowuje stanowiska w sprawach gospodarczych i społecznych. W jego skład wchodzi 222 reprezentantów środowisk gospodarczych i społecznych - pracodawców, pracobiorców, przedstawicieli wolnych zawodów, producentów, kupców, rzemieślników.

Komitet Regionów jest organem doradczym, z którym Rada Unii Europejskiej i Komisja Europejska konsultują się w sprawach regionalnych i lokalnych (na obszarze Unii istnieje ok. 200 regionów). Komitet składa się z 222 przedstawicieli regionalnych i lokalnych jednostek samorządowych.

Komitet Stałych Przedstawicieli (COREPER) - odpowiada za przygotowanie prac Rady Unii Europejskiej. Zajmuje się wypracowaniem zgodnego stanowiska państw członkowskich w sprawie propozycji Komisji Europejskiej, zanim jeszcze zostaną wpisane do porządku obrad Rady Unii. Komitet składa się z ambasadorów państw członkowskich Unii akredytowanych przy Wspólnotach Europejskich. W ramach COREPER- u działa ok. 250 grup roboczych.